學術學院方面，目前四所成員為：理學院、工學院、商學院及人文社會科學學院，而跨學科課程事務處則提供課程範疇涵蓋不同學院的本科生及研究生課程。除了四所學術學院外，香港科技大學還設有霍英東研究院、賽馬會高等研究院及公共政策研究院，提供多項修課式及研究式碩士及博士課程。學術學院下學系及相關部門
| 學術學院 | 成立年份 | 現任院長 | 提供課程 | 網頁 |
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| 工學院 | 1990 | 鄭光廷教授 | 航空航天工程學、生物工程學、化學工程學、化學及環境工程學、土木工程學、土木及環境工程學、計算機工程學、計算機科學、決策分析學、電子工程學、工業工程及工程管理學、機械工程學、可持續能源工程學、綜合系統與設計、土木基建工程及管理、智能建築物技術與管理、大數據科技、資訊科技、集成電路設計工程、電信學、工程企業管理及環境工程學及管理 | |
| 理學院 | 1991 | 汪揚教授 | 生物化學及細胞生物學、生物科學、生物科技、生物科技及商學、化學、數學、海洋科學與技術、環境科學、數學與經濟學、物理學、數據科學與技術、分析化學、金融數學、納米科技、大氣環境科學、海洋環境科學、環境健康及安全、生命科學、教育數學 | |
| 工商管理學院 | 1993 | 譚嘉因教授 | 專業會計學、計量財務學、經濟及財務學、經濟學、財務學、綜合商業管理學、環球商業管理、資訊系統學、管理學、市場學、營運管理學、商業分析學、環球運營管理、國際管理、金融分析學、金融科技學、資訊系統管理學及投資管理學 | |
| 人文社會科學學院 | 1996 | 蔡欣怡教授 | 環球中國研究：人文及社會科學、定量社會數據分析、中國文化、國際語言教育及社會科學 |
| 學系/學術單位 | 主任 | 提供課程 | 位置 | 網頁 |
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| 生命科學部 | 鄔振國教授（署理） |
理學士（生物化學及細胞生物學） 理學士（生物科學） 理學士（生物科技） 理學士（生物科技及商學）（理學院與商學院合辦課程） 理學碩士（生物科技） 哲學博士（生物學） 哲學碩士/哲學博士（生命科學） |
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| 化學系 | 韋慈恩教授 |
理學士（化學） 理學碩士（分析化學） 哲學碩士/哲學博士（化學） |
學術大樓4樓（4512室） | |
| 數學系 | 王筱平教授 |
理學士（數學） 理學士（數學與經濟）（理學院與商學院合辦課程） 理學碩士（大數據科技） 理學碩士（金融數學） 理學碩士（數學教育） 哲學碩士/哲學博士（數學） |
學術大樓3樓 | |
| 物理學系 | 童彭爾教授 |
理學士（物理學） 哲學碩士/哲學博士（物理學） 哲學碩士/哲學博士（納米科技） |
學術大樓4樓 | |
| 海洋科學系 | 錢培元教授 |
理學士（環境科學） 理學士（海洋科技） 理學碩士（環境健康及安全） 哲學碩士/哲學博士（海洋環境科學） 深圳大學-香港科技大學聯辦哲學博士（海洋環境科學） |
學術大樓3樓 |
| 學系/學術單位 | 主任 | 提供課程 | 位置 | 網頁 |
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| 化學及生物工程學系 | 邢怡銘教授 |
工學士（生物工程） 工學士（化學工程） 工學士（化學及環境工程） 工學士（可持續能源工程學）（與土木及環境工程學系、電腦科學及工程學系和航空航天工程學系合辦） 理學碩士（化學工程及生物分子工程學） 哲學碩士/哲學博士（化學工程及生物分子工程學） 哲學碩士/哲學博士（生物工程學） |
學術大樓4樓（4566室） | |
| 土木及環境工程學系 | 羅康錦教授 |
工學士（土木工程學） 工學士（土木及環境工程學） 理學碩士/深造文憑（土木基建工程及管理） 理學碩士/深造文憑（環境工程學及管理） 哲學碩士/哲學博士（土木工程學） 哲學碩士/哲學博士（環境工程學） |
學術大樓3樓（3575室） | |
| 電腦科學及工程學系 | 楊瓞仁教授（署理） |
工學士（計算機科學） 工學士（計算機工程學）（與電子及電腦工程學系合辦） 理學士（計算機科學） 理學士（數據科學與技術）（與數學系合辦） 理學士（風險管理及商業智能學）（與資訊、商業統計及營運管理學系合辦） 理學碩士（大數據科技） 理學碩士（資訊科技） 哲學碩士/哲學博士（電腦科學及工程學） |
學術大樓3樓（3528室） | |
| 電子及電腦工程學系 | 施毅明教授 | 學術大樓2樓（2457室） | ||
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工業工程及決策科學學系 Department of Industrial Engineering & Decision Analytics |
Prof. Guillermo GALLEGO | 學術大樓5樓（5551室） | ||
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航空航天工程學系 Department of Mechanical & Aerospace Engineering |
邱惠和教授 | 學術大樓2樓（2568室） | ||
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綜合系統與設計學部 Division of Integrative Systems & Design |
Prof.Chi Ying TSUI | 學術大樓6樓（6532室） |
| 學系/學術單位 | 主任 | 提供課程 | 位置 | 網頁 |
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| 會計學系 | Prof. Kevin C. W. CHEN | 李兆基商學大樓 | ||
| 經濟學系 | Prof. Siu Fai LEUNG | 李兆基商學大樓 | ||
| 財務學系 | Prof. Chu ZHANG | 李兆基商學大樓 | ||
| 資訊、商業統計及營運管理學系 | Prof. Shaohui ZHENG | 李兆基商學大樓 |
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